《你好，我的大夫》以中醫為題材，故事圍繞程嘉應（蔡思貝飾）和辜清勁（何廣沛飾）這對青梅竹馬發生，兩人本來是情侶及同屆中醫系畢業生，後來辜清勁選擇繼續進修而與程嘉應分手。
十年過去，程嘉應已在公營中醫診所晉陞為中醫服務主任，身為中醫博士的辜清勁卻只能應徵當進修中醫師，更會成程嘉應的下屬。
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雖然程嘉應、辜清勁因自身理念在工作上產生磨擦，但兩人都抱著醫者仁心，希望用醫術幫助更多病人。
後來兩人聯同一班新晉醫師路遠志（吳偉豪飾）、袁絲絲（陳嘉慧飾）、唐韶光（游嘉欣飾）和彭晴望（孔德賢飾），一同創業打造心目中的中醫診所，踏上仁醫之路。
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